Filippo Neri nasce a Firenze il 21 luglio 1515, secondogenito del notaio Francesco Neri e di Lucrezia da Mosciano. A diciotto anni viene inviato dallo zio Bartolomeo Romolo Neri a San Germano, l’odierna Cassino, per imparare, ed ereditare, la professione di mercante. Sin da subito il ragazzo inizia a frequentare la vicina abbazia di Montecassino e a stringere legami con i monaci benedettini. Secondo quanto riportato da al cuni dei più illustri biografi, lo zio si rende presto conto della vocazione del nipote, tanto da suggerirgli di recarsi presso Gaeta, dove i pescatori hanno edificato una cappellina a picco sul mare in una delle fenditure della Montagna Spaccata.
Inizia così il suo percorso spirituale, che in breve lo porta a Roma, inizialmente da pellegrino, e poi da precettore dei figli del capo della dogana pontificia. Nel frattempo inizia a prestare opere di carità presso l’ospedale di San Giacomo, dove conosce Ignazio di Loyola e i primissimi membri della compagnia di Gesù.
Secondo la tradizione, nel giorno della Pentecoste del 1544, mentre Filippo Neri è in preghiera presso le catacombe di San Sebastiano, subisce una dilatazione abnorme del cuore e delle costole, evento successivamente attestato anche dai medici dopo la sua morte. Questa esperienza convince Filippo a ritirarsi a vivere come eremita abbandonando l’attività di precettore. Inizia così un eremitaggio che lo porta a vivere in giro nelle zone più popolari di Roma, dove incontra giovani che inizialmente ridono e si prendono gioco di lui. Filippo, nonostante ciò, non perde il suo proverbiale buon umore, anzi, coglie l’occasione per avvicinare i ragazzi di strada e iniziare a occuparsi dei bisognosi, compiendo innumerevoli opere di carità e di volontariato all’interno degli ospedali di San Giovanni e del Santo Spirito. Rendendosi conto di quanto bisogno ci fosse di luoghi che potessero offrire ospitalità, decide, insieme al padre spirituale Persiano Rosa, di fondare la Confraternita della Santissima Trinità dei Pellegrini. A seguito delle opere prestate in occasione dell’Anno Santo del 1550 decide di prendere i voti il 15 marzo 1551, divenendo sacerdote il 23 maggio dello stesso anno. Successivamente al suo trasferimento presso la chiesa di San Girolamo della Carità, inizia a prendere forma, in maniera inconsapevole, nel granaio della struttura religiosa, il primo nucleo dell’Oratorio.
Filippo Neri, che aveva deciso di partire come missionario in Estremo Oriente, non riuscirà mai nel suo intento, viste le quotidiane richieste di aiuto e di presenza da parte di bisognosi e seguaci neo-oratoriani. In seguito alla morte del padre, avvenuta nel 1559, Filippo conosce il cardinale milanese Carlo Borromeo e i due diventano molto amici. Nel 1564 papa Pio IV gli affida la gestione della chiesa di San Giovanni Battista dei Fiorentini, a Roma. Erano stati proprio i suoi concittadini a fare pressione sul Santo Padre per nominare rettore Filippo Neri, il quale tuttavia decide di rimanere a San Girolamo della carità, ritenendo l’ambiente di San Giovanni Battista dei Fiorentini “troppo nobile”. Nel 1575 papa Gregorio XIII riconosce la Congregazione dell’Oratorio, concedendo ai seguaci di Filippo la chiesa di Santa Maria in Vallicella, quella che anche oggi può definirsi il “quartier generale” dei filippini. Nel 1579 verrà fondato l’oratorio di San Severino Marche e nel 1586 nascerà quello di Napoli. Altre comunità oratoriane sorgeranno in breve a Fermo, Palermo, Brescia e in Veneto, Umbria e Piemonte. Il processo di elaborazione dei regolamenti della congregazione sarà piuttosto lungo: la loro stesura definitiva inizierà nel 1609 e terminerà nel 1610, ben oltre la morte di Filippo Neri. Gli ultimi vent’anni della sua vita sono caratterizzati da problemi fisici, malattie, guarigioni e ricadute. In questi anni avviene l’episodio della mediazione promossa dal santo tra il papato e il re di Francia, in seguito al quale papa Clemente VIII vorrebbe nominarlo cardinale, ma Filippo rifiuta, pronunciando una delle sue frasi più semplici e famose: «preferisco il Paradiso».
Nell’ultimo periodo della sua vita, quando ormai tutti comprendono che si sta avvicinando il momento del trapasso, Filippo Neri viene raggiunto dal cardinale Borromeo, il quale gli somministra l’ultima eucarestia. Nella notte tra il 25 e il 26 maggio 1595 torna alla casa del Padre.
La vita di Filippo Neri è stata sempre caratterizzata da una certa propensione all’allegria, al voler sdrammatizzare le situazioni più critiche, spesso attraverso scherzi non sempre apprezzati. Pare che questa sua ultima caratteristica sia stata ricordata a più riprese durante il primo processo di beatificazione. Alcuni atteggiamenti del “santo della gioia” – come venne prontamente ribattezzato all’indomani della canonizzazione – vennero visti inizialmente come poco cristiani, a tratti eccessivi per un uomo "di chiesa". Ma è ciò che probabilmente ha reso la figura di san Filippo Neri tanto popolare, soprattutto presso i giovani, che sapeva come avvicinare proprio grazie a questo suo sconfinato buonumore.
Un’altra caratteristica che lo ha reso non sempre ben visto è stata la sua sconfinata pazienza e capacità di perdonare tutto a tutti. Nella Roma del Cinquecento non era così scontato applicare alla lettera l’insegnamento cristiano del perdono. Molto bizzarre erano le penitenze che san Filippo Neri assegnava a chi si confessava. Si tramanda una storia in cui chiese a una donna, nota per parlare male di tutti, di spargere le piume di una gallina in giro per Roma per poi raccoglierle, una a una. Ciò avrebbe dovuto farle capire che è difficile rimediare alle cattive parole una volta uscite dalla bocca.
Tra il XVII e il XVIII secolo, il culto di san Filippo Neri e del suo oratorio si diffuse soprattutto nei Paesi iberici e nell’America Latina.